Консервативные аминокислотные остатки в выборке 10 потенциальных ортологов SODC_ECOLI

     Было предложено оценить консервативность аминокислотных остатков в зоне контакта с   
функциональным лигандом, для чего была сделана выборка из 10 последовательностей
ортологов белка SODC_ECOLI.

Ниже предствавлена матрица попарного сходства данных последовательностей.

                 *_PASMU  *_PASHA *_NEIMB *_HAEPA *_ACTAC *_ACTPL   *_HAEDU   *_BRUME   *_BRUAB   *_SALTY   *_ECOLI 

  SODC_PASMU       100%                                                                                                                                  

  SODC_PASHA        37%     100%                                                                                                                     

  SODC_NEIMB        66%     36%     100%                                                                                                        

  SODC_HAEPA        68%     37%     87%     100%                                                                                           

  SODC_ACTAC        37%     75%     43%     41%     100%                                                                              
 
  SODC_ACTPL        62%     35%     64%     64%      38%     100%                                                                 

  SODC_HAEDU        59%     32%     62%     63%      35%      77%    100%                                                    
 
  SODC_BRUME        44%     26%     41%     43%      24%      41%     42%      100%                                       

  SODC_BRUAB        44%     30%     41%     43%      27%      43%     42%       88%       100%                          

  SOD1_SALTY        48%     28%     47%     48%      29%      45%     44%       55%        54%    100%             
 
  SODC_ECOLI        46%     26%     44%     43%      26%      41%     41%       52%        49%     53%       100%

Где "*"=SODC, SOD1

С помощью программы emma пакета Emboss было получено следующее выравнивание:

7 0 8 0 9 0 1 0 0 1 1 0 1 2 0 1 3 0

S O D C _ E C O L I : I T E T D K G L E F S P D L K A L P P G E H G F H I H A K G S C Q P A T K D G K A S A A E S A G G H L D P Q N T G K H E G P E G A - G : 1 0 8

S O D C _ P A S M U : I T E S A Y G L V F T P E L K N L T A G L H G F H I H Q N P S C D A K E K D G K L V A G L A A G G H W D P K N A G K H G Y P W S D D A : 1 2 1

S O D C _ P A S H A : - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A K E K G G K L T A G L A A G G H W N P N K A P H H G F P W S D D A : 3 4

S O D C _ N E I M B : I T E S N Y G L V F T P D L Q G L S E G L H G F H I H E N P S C E P K E K E G K L T A G L G A G G H W D P K G A K Q H G Y P W Q D D A : 1 2 1

S O D C _ H A E P A : I T E S N Y G L V F T P N L Q G L A E G L H G F H I H E N P S C D P K E K D G K L T S G L A A G G H W D P K G A K Q H G Y P W Q D D A : 1 2 2

S O D C _ A C T A C : - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E P K E K D G K L T A G L G A G G H W D P K D T K Q H G Y P W Q D D A : 3 5

S O D C _ A C T P L : I T E S A Y G L V F T P H L H G L A Q G L H G F H I H Q N P S C E P K E K D G K L V A G L G A G G H W D P K E T K Q H G Y P W S D N A : 1 2 5

S O D C _ H A E D U : I T E S A Y G L V F T P K L H D L A H G L H G F H I H E K P S C E P K E K D G K L V A G L G A G G H W D P K Q T Q K H G Y P W S D D A : 1 3 4

S O D C _ B R U M E : I S E A P G G L H F K V N M E K L T P G Y H G F H V H E N P S C A P G E K D G K I V P A L A A G G H Y D P G N T H H H L G P E G D - G : 1 0 9

S O D C _ B R U A B : I S E A P G G L H F K V N M E K L T P G Y H G F H V H E N P S C A P G E K D G K I V P A L A A G G H Y D P G N T H H H L G P E G D - G : 8 9

S O D 1 _ S A L T Y : V S E T P Y G L L F T P H L N G L T P G I H G F H V H T N P S C M P G M K D G K E V P A L M A G G H L D P E K T G K H L G P Y N D K G : 1 1 1

e g l f l g h g f h h s c p e K d G K l A G G H d P H P d

1 4 0 1 5 0 1 6 0 1 7 0 1 8 0 1 9 0 2 0 0

S O D C _ E C O L I : H L G D L P A L V V N N D G K A T D A V I A P R L K S L D E I K D K A L M V H V G G D N M S D Q P K P L G G G G E R Y A C G V I K - : 1 7 3

S O D C _ P A S M U : H L G D L P A L A V N Q D G T A N N P V L A P R L K H L D D V K G R S L M I H E G G D N H D D H P A P L G G G G P R M A C G V I K - : 1 8 6

S O D C _ P A S H A : H L G D L P A L T V L H D G T S T N P V L A P R L K K L D E I K G R S L M I H E G G D N H S D H P A P L - - - - - - - - - - - - - - : 8 6

S O D C _ N E I M B : H L G D L P A L T V L H D G T A T N P V L A P R L K H L D D V R G H S I M I H T G G D N H S D H P A P L G G G G P R M A C G V I K - : 1 8 6

S O D C _ H A E P A : H L G D L P A L T V L H D G T A T N P V L A P R L K K L D E V R G H S I M I H A G G D N H S D H P A P L G G G G P R M A C G V I K - : 1 8 7

S O D C _ A C T A C : H L G D L P A L T V L H D G T A A N P V L A P R I K H L D D V R G H S L M I H A G G D N H S D H P A P L - - - - - - - - - - - - - - : 8 7

S O D C _ A C T P L : H L G D L P A L F V E H D G S A T N P V L A P R L K K L D E V K G H S L M I H E G G D N H S D H P A P L G G G G P R M A C G V I K - : 1 9 0

S O D C _ H A E D U : H M G D L P A L F V M H D G S A T T P V L A P R L K K L A E V K G H S L M I H A G G D N H S D H P A P L G G G G P R M A C G V I K - : 1 9 9

S O D C _ B R U M E : H M G D L P R L S A N A D G K V S E T V V A P H L K K L A E I K Q R S L M V H V G G D N Y S D K P E P L G G G G A R F A C G V I E - : 1 7 4

S O D C _ B R U A B : H M G D L P R L S A N A D G K V S E T V V A P H L K K L A E I K Q R S L M V H V G G D N Y S D K P E P L G G G G A R F A C G V I E - : 1 5 4

S O D 1 _ S A L T Y : H L G D L P G L V V N A D G T A T Y P L L A P R L K S L S E L K G H S L M I H K G G D N Y S D K P A P L G G G G A R F A C G V I E K : 1 7 7

H G D L P L v D G v A P r l K L s l M H G G D N s D P P L g g g g r a c g v i

Представлена часть выравнивания с наиболее консервативными участками.
Черным цветом представлены участки со 100% консервативности, серым - более 80% консервативности.

   В позициях 117, 126, 135, 138 выравнивания находятся а.о. которые у белка SODC_ECOLI
входят в реакционный центр(гистидины 61, 69, 78, аспарагин 81 на рисунке).
Помимо указанных остатков есть еще два остака, консервативные не на 100%, но такой уровень 
консервативности связан с тем, что в 2х последовательностях отсутствовали соответствующие участки
последовательности, в остальных а.о. совпали. В выравнивании они занимают позиции 92, 94 
(гистидины 44, 46).

Ниже представлено изображение зоны контакта белка с лигандами - ионами меди и цинка. Красным
обозначены а.о., консервативные на 100%, синим - более чем на 80%. Видно, что все а.о., взаимодействющие
с лигандами, высоко консервативны.